El clima es frío, húmedo-seco en estas montañas volcánicas, la temperatura media es de 12 grados centígrados, los suelos de montañas volcánicas y suelos de declive del pacífico, pero en la parte noreste pertenecen a la serie chuvá cuyo material de origen es ceniza volcánica, relieve inclinado escarpado color gris muy obscuro a café grisáceo, la textura superficial constituida por arena fina a franca muy suelta, con suelo poco profundo con alto riesgo de erosión. En una mayor parte del polígono se tiene un suelo serie Ostuncalco, de ceniza volcánica, relieve ondulado a inclinado, color gris, gris amarillo, la textura es arena franca, suelos poco profundos y alto riesgo de erosión.
Un alto porcentaje de suelos son ardisoles con horizontes superficiales claros y pobres de materia orgánica, el material claro es producto de actividad volcánica fina y de color gris amarillento, la mayor parte ha desaparecido producto de erosión hídrica.

Existen variación en las alturas de las montañas del sitio, siendo el punto más alto el Cerro Ixtajel con 3,180 msnm y el más bajo el Río Mopa con 2,000 msnm. Su topografía pendiente es muy variable y va de escarpados de más de 100% hasta pequeños sectores con pendientes entre 25% y 50% predomina el rango inclinado a escarpado. Esta constituido de rocas ígneas y metamórficas, rocas volcánicas sin dividir, incluyen tobas, coladas de lava, material lahárico y sedimentos volcánicos de color rojizo o azulado, pequeñas formaciones aluviales en la rivera y lecho del río Mopá.

Especies de ecotonos que se han adaptado a variaciones climáticas recientes, parte integral del conector biológico de tierras altas volcánicas y suelos en declives del pacífico, lugar de refugio de especies presionadas en otros espacios de diversidad de vida principalmente flora, espacio de anidación de especies migratorias y locales. La única zona de vida a la que pertenece el municipio de Esquipulas Palo Gordo es un bosque muy húmedo, montano bajo, subtropical de relieve accidentado. En el lugar hay especies bromelaceae, helechos y palmaceae que se encuentran protegidos. Dentro de la flora están: palmas, palmitas, pacayas, quixtán, hierba mora, macuy (comestible), flores de palo, flores de cuero, flores parásitas, gallitos, cartuchos (ornamentales), granadilla de monte(diurético), pino colorado, pino blanco, ciprés común (para construcción), lantén (para infecciones de la piel), madrón, arrayán, raijan, palo de escoba (leña, madera de leña, ramas para barrer), grama, monte, kikuyú (pienso, pasto), setaria (pasto de corte, barreras vivas), miche, pito (cercos, decoración, flores comestibles), hojas de maxán (hojas para envolver tamales), caña brava, caña (cercos y artesanías), chicharro (leña, carbón, madera para horcones), cajetón (cuerda de la corteza, madera de construcción).

La fauna es un componente biológico sumamente escaso en este lugar, se puede destacar la presencia de aves de importancia como el pavo de cacho, (especie que se encuentra amenazada según CONAP), chipes rosados, reptiles menores como: lagartijas y culebras, insectos, gorriones, zanates, chocoyos, chachas, gallinas de monte, pinpines, ronrones, zorros, gavilanes, codornices, quetzalillos.

El uso de la tierra es para la agricultura, ganadería, forestería.

El uso de recursos terrestres y acuáticos (leña, semillas, frutas, carnes, madera). El suelo es utilizado principalmente para cultivos de subsistencia, semi-comercial, pasto para forraje, especies forestales usadas para madera de construcción, mueblería, leña para la cocción de alimentos. Las especies forestales son aprovechadas como fuentes de energía, las especies herbáceas son extraídas de los ecosistemas naturales para ser utilizados como forrajes para animales principalmente ganado vacuno. Existe la recolección y extracción de plantas para otros usos en menor escala.