La precipitación promedio anual es de 1,000 a 1,600 mm. la temperatura promedio máximo es de 18 grados y la mínima 12 grados. El viento predominante es Sur-Este, el suelo según tárano, Simons son de tipo camanchá, textura franca de 50 cms. de espesor. El área es constituye una área de recarga hídrica del Cerro y del cual nacen alrededor de 8 nacimientos de agua.Su composición es de gran porcentaje áreas con pendientes de más de 64% y barrancos profundos que contienen bosques bastantes maduros. Existe una antiplanicie denominada local Papa’a la que da nombre a toda la región. El Cerro es un antiguo Volcán que colapso en el evento denominado Los Chocoyos hace 80,000 la cual expuso la cadena volcánica y formó la actual la Cuenca del Lago de Atitlán, constituyendo uno de los límites más altos 2960 msnm, varios macizos montañosos y estribaciones con muchas pendientes las cuales se encuentran bastante conservadas hacia la Cuenca del Lago de Atitlán. Dentro del área está ubicadas las fuentes de agua que proveen agua potable a las comunidades San Pedro,San Pablo, San Marcos La Laguna. Biogeográficamente el área de la cuenca se encuentra dentro de la zona de tierras altas de la Sierra neotropical y neoartica donde se manifiestan especies representativas debido a las condiciones de altura y humedad.El área donde se ubica el Cerro Papa’a pertenece a la categoria de bosque húmedo Montano Bajo, contiene gran cobertura vegetal tanto dentro de los alrededores presentando 3 estratos características de bosque maduro: sotobosque, medio y dosel. sus límites altitudinales están delimitados fuertemente por factores climáticos como: humedales, temperatura y geología.La parte alta esta dominada por especies enormes de encinos, robles, pino acompañado por una gran diversidad de especies árboreas, arbustivas y herbáceas. En la parte media baja el Cerro presenta especies arbustivas en estado guatal, donde se observan procesos de sucesión ecológica.En sus alrededores del Cerro se pueden localizar asociaciones vegetales(rodales de aliso, cultivos de maíz y frijol) y sistemas agroforestales (café) con especies leñosas, frutales aisladas como aguacate. En la parte baja del inicio de la cuenca llega establecerse un tipo de vegetación xérica a orilla del Lago Atitlán compuesta por árboles de encino, caducifolios, palo de jiote, palo de pito, maguey y nopal. Dentro de la flora esta: el encino, roble o patam, qanoj o aguadillo, pino, aliso, palo de murciélago, nancillo. Se considera que la flora del Cerro es de alta importancia económica ya que el uso de plantas arbóreas, arbustivas y herbáceas es bastante extensa. Existen 174 especies vegetales empleadas para uso medicinal, alimento, artesanía, industria, combustible, construcción, ornamento y ceremonial- religiosa por parte de Comunidades de San Pedro,San Juan,Santa Clara y San Marcos La Laguna, siendo la mayoría nativa 78%, el resto son introducidas.Existen muchas especies de mamíferos y aves, diversidad de reptiles: serpientes, lagartijas y anfibios (ranas y salamandras) de las cuales algunas son endémicas para Guatemala. Incluyen mamíferos como armadillo, ardilla, ratones, coyote, gato de monte, zorro gris, comadreja, perico ligero, puma con color, venado cola blanca. La fauna es evidente en el Cerro dentro de las aves están: pájaro carpintero, guardabarrancos, sharas, bolseros, chipes, colibries, halcones cola blanca, otros halcones en el sitio. Dentro del bosque de encino se pueden encontrar las serpientes, ranas, sapos.Existen muchos proyectos de reforestación del lugar pero tienen muchos limitantes para esta actividad debido a que los terrenos no son aptos para la reforestación dado a los afloramientos rocosos.