El Refugio incluye la Laguna Petexbatún de esplendorosa es belleza, refugio de gran cantidad de aves acuáticas, peces, tortugas y cocodrilos. Aguateca, Dos Pilas y Petexbatún conformando un conjunto de áreas protegidas que hasta 1994 se encontraban conectadas por corredores de bosques latifoliados en buen estado de conservación.

En los años siguientes esta conectividad fue perdiéndose aceleradamente hasta perderse completamente. Actualmente solo el 57% del área protegida conserva bosques y vegetación natural gran parte son bosques bajos, inundados y de vegetación riparia que conforma un 32%. Un 25% se encuentra cubierto de bosque latifoliado bajo grandes presiones de cambio de uso.

En 2005 sufrió grandes cambios de cobertura habilitándose una gran extensión para ganadería y caminos que conducen de la carretera principal hasta la orilla de la laguna de Petexbatún. Las comunidades más importantes son: Tamarindo I y Tamarindo II con menos de 1000 habitantes cada uno y el Escarabajo y La Reforma con menos de 500 habitantes, con excepción de la Reforma las demás comunidades están compuestas por NO indígenas. La laguna drena al Río La Pasión a través del Río Petexbatún, en el bosque existen 109 especies arbóreas debido a la mayor diversidad de ambientes, los bosques inundados y humedales se concentra al Norte y Sur del refugio cubriendo un 31.5% del área. En esta área se encuentran la vegetación a orillas de ríos y arroyos y afluentes están cubiertas principalmente por jimbales y tintales especie protegida por la Ley, debido a su uso intenso como postes para la construcción de cercos. La reserva sobresale por su riqueza en aves acuáticas residentes y migratorias y la población de reptiles y peces que residen en grandes extensiones de humedales. Se han reportado 33 especies de aves entre los que se mencionan aves acuáticas como los cormoranes o malaches, el garzón blanco, las egretas y aves rapaces como el águila pescadora. Otras especies en peligro de extinción como el loro caroniazul, halcón enano, lechuza, búho blanquinegro, aguililla caminera, águila elegante,y guacamayas rojas aunque no anidan en estas áreas son consideradas importantes en su ruta hacia la Reserva de la Biósfera Montes Azules en México. Entre la ictiofauna característica de la región sobresale el pez blanco, especie endémica de Petén, pez lagarto, llamado también machorra, mojarra, sardinas y otras especies de fauna como: cocodrilo, tortuga blanca, tortuga jicotea, nutria, mapache.