El Refugio incluye la Laguna Petexbatún de esplendorosa es belleza paisajística, refugio de gran cantidad de aves acuáticas, peces, tortugas y cocodrilos. Aguateca, Dos Pilas y Petexbatún conformados un conjunto de áreas protegidas hasta 1994 se encontraban conectadas por corredores de bosques latifoliados en buen estado de conservación. En los años siguientes esta conectividad fue perdiendose aceleradamente hasta perderse completamente. Actualmente solo el 57% del área protegida conserva bosques y vegetación natural gran parte de este es bosque bajo, inundado y de vegetación riparia que conforma un 32%. Un 25% se encuentra cubierto de bosque latifoliado bajo grandes presiones de cambio de uso. En 2005 sufrió grandes cambios de cobertura habilitándose una gran extensión para ganadería y caminos que conducen de la carretera principal hasta la orilla de la Laguna de Petexbatún. Las Comunidades más importantes son: Tamarindo I y Tamarindo II con menos habitantes de 1000 cada uno, y el Escarabajo y La Reforma con menos de 500 habitantes, con excepción de la Reforma las demás comunidades están compuestas por NO indígenas. La Laguna drena al Río La Pasión a través del Río Petexbatún, en el bosque existen 109 especies arbóreas debido a la mayor diversidad de ambientes, los bosques inundados y humedales se concentra al Norte y Sur del refugio cubriendo un 31.5% del área. En esta área se encuentran la vegetación a orillas de ríos y arroyos y afluentes están cubiertas principalmente por jimbales y tintales especie protegida por la Ley, debido a su uso intenso como postes para la construcción de cercos. La reserva sobresale por su riqueza en aves acuáticas residentes y migratorias y la población de reptiles y peces que residen en grandes extensiones de humedales. Se han reportado 33 especies de aves entre los que se mencionan aves acuáticas como los cormoranes o malaches, el garzón blanco, las egretas y aves rapaces como el aguila pescadora. Otras especies en peligro de extinción como el loro caroniazul, halcón enano, lechuza, buho blanquinegro, aguililla caminera, aguila elegante,y guacamayas rojas aunque no anidan en esta áreas son consideradas importantes en su ruta hacia la Reserva de la Biosfera Montes Azules en Mèxico. Entre la ictiofauna característica de la región sobresale el pez blanco, especie endémica de Petén, pez lagarto, llamado también machorra, mojarra, sardinas y otras especies de fauna como: cocodrilo, tortuga blanca, tortuga jicotea, nutria, mapache.