Es a través de exploraciones realizadas por el Atlas Arqueológico de Guatemala en los sitios arqueológicos que se localizó gran cantidad de material prehispánico de diferentes tipos: cerámica, piedra, concha y hueso. Al incrementarse el número de vasijas, monumentos y artefactos, comenzó la necesidad de exponer estos objetos al público y la forma de lograrlo era a través de un museo o salas de exhibición.

En febrero de 1998 El Ministerio de Comunicaciones, Infraestructura y Vivienda puso en su proyecto, la construcción de un edificio para museo con el objetivo de disminuir el impacto ambiental. El Atlas Arqueológico de Guatemala intervino en conjunto con el Comité Pro-Mejoramiento de Dolores y solicitaron a la Municipalidad la donación de un terreno para la construcción la cual fue positivo, además se realizaron los trámites con la Agencia Española de Cooperación Internacional para que realizara la restauración de aproximadamente 125 piezas cerámicas y ocho esculturas de material calizo, este proceso duró aproximadamente dos años y fue de forma completamente gratuita. Es así como, después de casi varios años de esfuerzo de todo el personal del Atlas Arqueológico de Guatemala, el apoyo de otras dependencias de la Dirección General del Patrimonio Cultural y Natural y la anuencia de las autoridades superiores del Ministerio de Cultura y Deportes, se inauguró el Museo Regional del Sureste de Petén el 17 de marzo del 2005.

El 21 de abril del año 2010 el Ministerio de Cultura y Deportes acuerda designar al Museo Regional del Sureste de Petén con el nombre Doctor Juan Pedro Laporte Molina como un homenaje y reconocimiento póstumo a sus esfuerzos a favor del Patrimonio Cultural de Guatemala según Acuerdo Ministerial Número 383-2010. Llevándose a cabo el acto el 6 de agosto del año 2010.

Y por qué construirlo en el Municipio de Dolores y no en otro de los municipios del sureste de Petén? Para comenzar, se cree que Dolores se encuentra en un punto estratégico, además cuenta con elementos reales para convertirse en un lugar de visita para el turismo no tradicional.