El pueblo de San Martín Jilotepeque fue fundado por la Orden Dominica en 1543 y fue sede de la misma orden entre 1564 y 1570 aunque el título del pueblo atribuye su fundación en 1545.

El cronista Francisco Antonio Fuentes y Guzmán comenta de la Iglesia en 1690 como un suntuoso y magnífico templo, atendido por los dominicos.

De acuerdo al estilo de la fuente de la plaza, corresponde entre el período de 1700 a 1717, época en que se consideraba mayor importancia su plaza, por los espacios urbanos ya considerados en esa época.

La Iglesia, como cabecera de curato, fue visitada por el fraile irlandés Tomas Gage en 1637, por el Arzobispo Pedro Cortés y Larraz en 1770 y también comentado por el cronista Domingo Juarros en 1800, con una población de 400 indios, más ladinos y mulatos. San Martín Jilotepeque fue declarado con el título de Villa por la Asamblea Legislativa el 29 de octubre de 1825 y fue sede en la Casa Real, del Vicejefe del Estado de Guatemala Don Cirilo Flores, durante 4 días, reuniéndose el poder Legislativo, por lo que se considera capital del Estado de Guatemala durante esos 4 días, ocurrió durante la época en que el Estado de Guatemala fue Estado de la República Federal de Centro América.