El templo de Concepción fue edificado en 1621, según consta en la inscripción que se encuentra sobre el ingreso principal.

Fuentes y Guzmán en 1691, describe el templo como una construcción de techo de teja con rica ornamentación y retablos en su interior.

Originalmente era la Iglesia de visita de San Francisco, Panajachel, según describe Cortés y Larraz en 1770 y se encontraba a cargo de la Orden de San Francisco.

El terremoto de 1976 afectó el arco de ingreso y parte de la fachada, principalmente las pilastras y el artesón de la cubierta, siendo restaurado por el Instituto de Antropología e Historia, proceso que inició en 1976 y concluyó en 1988.

Debido a sus características arquitectónicas, a las de su entorno inmediato y antecedentes históricos, el Templo de Concepción, fue declarado Monumento Histórico de la Época Hispánica en el Artículo 2º. del Acuerdo Ministerial 1210 del Ministerio de Educación, el 12 de junio de 1970 y de acuerdo a la ficha de categorización aplicada, aprobada según Resolución No. Aj 102-2007 emitida por la Dirección General del Patrimonio Cultural y Natural, se clasifica dentro de la Categoría “A”.