El clima es húmedo con invierno seco, presenta al sur un clima frío con invierno benigno, su precipitación de 3,000 mm, la humedad relativa es de 80 a 85%, se han identificado 228 especies vegetales. El Parque se ubica en el área protegida característico en la cadena volcánica del pacífico, está surcada por barrancos y cauces de ríos, el relieve es escarpado, con pendientes promedios de 36.5%, no hay planicies, la clasificación de los suelos es: cadena volcánica y pendientes volcánicas recientes. Se encuentran nacimientos de ríos como: Tzarajmacáj, Pachamiyá y nacimiento que abastece al Río Ixtacapa, éste, situado al oeste del Parque, tiene su origen por varias corrientes intermitentes que provienen del Volcán Santo Tomás Pecul, el cual abastece de agua a las comunidades cercanas. El bosque tiene una gran diversidad y alto valor por las variaciones e impacto en las asociaciones vegetales, se identifican 2 especies como: el clavel georgiano y bilia, una de ellas endémica y la otra debido a sus requerimientos ecológicos de su rango distributivo muy corto. Existen dos zonas de vida que pertenecen a la Región Subtropical, bosque muy húmedo montano bajo subtropical, bosque húmedo montano bajo subtropical, los remanentes de bosque entre 1,400 y 2,800 msnm en la falda tiene un bosque nuboso de la cordillera. El sotobosque tiene: palmas, helechos, arborescentes, bambús, aráceas terrestres, begonias cubriendo una gruesa capa de humus, epifitas como: orquídeas, bromelias, cactus, selagineas, aráceas, pino. Se identifican 211 especímenes en el parque, como: 35 especies de mamíferos, 155 aves, 21 anfibios y reptiles. También alberga muchos insectos.