La parroquia San Juan Bautista, inició como convento desde el 11 de marzo de 1562, encomendándose a la Orden de Predicadores de Santo Domingo de Guzmán, quienes también inculcaron la devoción por el rezo del Santo Rosario.

El 17 de enero de 1632 el Convento de Amatitlán fue elevado a la categoría de Vicaría, mencionándose como sus vicarios: fray Pedro de Montenegro (1632) y Thomas Gage (1635).

El 6 de noviembre de 1638 la Vicaría de Amatitlán fue elevada a la categoría de Priorato, con jurisdicción sobre San Cristóbal Amatitlán (Palín), Petapa, Santa Inés (Villa Canales), Mixco, Chinaugtan (Chinautla) y Pinula (San José, Santa Catarina y Fraijanes). A cargo del Priorato de Amatitlán se menciona a fray Francisco Morán, quien disponía de un cofre de ocho mil ducados para gastos ordinarios.

En 1665 los padres dominicos iniciaron la construcción del templo de Amatitlán. Fray Domingo de los Reyes, doctrino del pueblo de San Juan Amatitlán, certifica que en 1666 quedó terminado el templo Parroquial de dicho pueblo.

El Procurador de la provincia de San Vicente de Chiapas y Guatemala fray Pedro de la Mora, solicitaron en el año de 1672 a indios en repartimiento para que trabajen en la reedificación del templo parroquial de San Juan Amatitlán. En este año varios indígenas maceguales del pueblo piden se les exonere de ser repartidos como semaneros por estar ocupados en la reconstrucción del templo parroquial.

El 4 de marzo de 1811, se tienen pláticas para la reconstrucción de la parroquia San Juan Amatitlán. El Párroco José María Mijangos, de la Parroquia de Amatitlán ante el jefe de Estado de Guatemala pide ayuda económica para reconstruir el templo y la casa parroquial arruinado por los terremotos del año de 1830.

El 3 de junio de 1911 fueron fundidas las tres campanas de la cúpula derecha de la iglesia parroquial, la que popularmente es conocida como la volteadora, tiene inscrita la leyenda «El Santísimo», las otras dos tienen la inscripción “Nuestra Señora del Rosario”, siendo el presbítero el padre Salvador l. Diéguez.

El domingo 10 de octubre de 1926, según información proporcionada al diario El Imparcial por el cura párroco Gabriel Solares, las señoritas Mercedes Amado y Vicente Mazariegos, así como la señora Jesús Vda. de Aguilar, se procedió a la bendición del templo parroquial luego de haber sido reparado completamente de los daños sufridos durante los terremotos de diciembre de 1917 y enero 1918.