Según datos publicados en el artículo de Centro Histórico gt titulado “Museo del Ferrocarril”, el edificio de la estación central del ferrocarril fue construido entre 1884 y 1908. Posteriormente, se reconstruyó en la década de 1920, por los daños causados por los terremotos de 1917 y 1918. Luego, el 6 de noviembre de 1995 se incendia el segundo nivel, y, en 1998, con el apoyo del Instituto Nacional de Antropología e Historia, se reúnen en las oficinas administrativas las 100 piezas históricas ferroviarias clave que hoy se exhiben.

La idea de la creación del Museo de Ferrocarril de Guatemala surge a partir del declive de la actividad ferroviaria en Guatemala y de la inquietud de las personas que eran amantes de los ferrocarriles por conservar las piezas originales históricas de una época de impulso y crecimiento económico en el país . Según datos proporcionados en la investigación titulada “Sitio Web para el Museo del Ferrocarril de Guatemala” (2005), los momentos más importantes para su creación fueron los siguientes:

1. En el año 2003, por acuerdo, se nombra una comisión especial para la creación del Museo del Ferrocarril de Guatemala.
2. El día 23 de mayo de 2003, se inician los trabajos preliminares, rescatando piezas y documentos históricos, para la creación del Museo del Ferrocarril en la Ciudad de Guatemala.
3. Finalmente, el Museo del Ferrocarril de Guatemala abrió sus puertas el 8 de enero de 2004 según el Acuerdo de Intervención No. 012-2003 y a partir del 12 de enero del mismo año se abrió al público.