Esta casa fue construida por Don Francisco Cóbar Porras, casado con Doña María Engracia Alejos y Alejos a finales del Siglo XVIII. Doña Engracia fue hija de Don Tomás Alejos y Limón, nacido en Retalhuleu, el 21 de diciembre de 1820.
Su descendencia es de la familia ALEJOS y LIMON.

Don Francisco Cóbar Porras y Doña María Engracia Alejos y Alejos, vivieron en esta casa por muchos años, donde nacieron hijos y bisnietos. (Se puede saber de su descendencia, familia Alejos y Limón del Libro Los Gutiérrez Marroquín).

La residencia de Don Francisco y Doña Engracia, se sabe que fué expropiada para residencia del Gobernador de Retalhuleu. En las anotaciones de Don Ernesto Ruiz Cóbar dice textualmente «En una de las visitas departamentales en el año de 1938, el entonces Presidente General Jorge Ubico, citó a la Jefatura Política a las integrantes de la familia Alejos Cóbar, para indicarles que deberían vender la Casa, la razón fué: que por ser varias herederas, podrían tener problemas de herencia y ordenó que se les pagara (Q. 3,000.00), de esa manera pasó a ser residencia del Jefe Político de Retalhuleu y se le conoció como Casa Nacional.

Los Jefes Políticos, conocidos hoy comg Gobernadores, eran nombrados por el Presidente y pertenecían al Ejército.
El último Gobernador Militar que tuvo por residencia la Casa Nacional fué el Coronel de Infantería Pedro Meyer Aragón y el primer Gobernador Civil, que tuvo por residencia su propia casa fué Don Ernesto Ruiz Cóbar.

El 4 de diciembre de 1993 se inaugura el Museo de Arqueología y
Etnología en lo que fuera la Casa Nacional.