El obispo Francisco Marroquín donó un terreno en 1563 con el objeto de edificar un convento, lo cual se hizo realidad años después.

Varias hermanas de la Orden de la Inmaculada Concepción llegaron al reino de Guatemala, para iniciar el convento. La labor de las cuatro religiosas comenzó a dar frutos un año después, cuando ingresó la primera religiosa guatemalteca.

En 1620 se terminó de construir el convento, la construcción fue lenta ya que se tuvieron que hacer algunos trabajos adicionales, tales como la construcción del Arco de las Monjas, sobre el río Pensativo y un dique para evitar las corrientes y crecidas del río, que invadían las calles y el convento.

Durante treinta años fue el único convento femenino en la región. Poco a poco fue creciendo hasta que llegó a tener más de cien monjas.

El atuendo de las monjas concepcionistas que profesaban sus votos era más lujoso que el de las otras órdenes religiosas en la ciudad y consistía en una corona de flores y joyas, un escapulario plisado (que fue prohibido en años posteriores por su lujo y ostentación), una imagen del Niño Jesús y una palma ornamentada.