Inaugurada en 1933, anteriormente a su construcción, funcionaba una pequeña iglesia vecina al hospital San Juan de Dios, a cargo de los padres paulinos.

En lo que respecta a su fachada principal, es de forma simétrica, a cada lado tiene un pórtico de piedra con arco de medio punto que da al ingreso de las naves laterales con puertas de dos hojas de madera abatibles de tablones con clavijas, tachones decorativos y aplicación de barniz. Sobre el dintel hay una sobrepuerta con celosías con estrellas de ocho puntas que se acomoda a la forma del arco. En la parte superior de cada una de las dos naves laterales la fachada presenta dos ventanas en medio punto y un pretil decorado con tableros rectangulares. El cuerpo principal se encuentra en la parte central, el cual sirve de acceso al coro y a la nave principal de la capilla, su fachada comprende también un pórtico de piedra de ingreso, con arco de medio punto, puerta de madera de iguales características a las anteriormente descritas y celosía sobre el dintel.

En la parte superior del pórtico, dentro de una moldura en arco de medio punto dos puertas de madera en arco de medio punto que dan al coro y una ventanería de forma circular con un vitral que representa al Crucificado de las Misericordias, sobre el cual se eleva la torre con planos sobrepuestos en las aristas de su superficie en cada uno de sus cuatro lados, ventilas en arco de medio punto con persianas de madera y el campanario de cubiertas inclinada sobre unas bases de planta octogonal.

Al lado izquierdo tiene el ducto de gradas del coro de planta semicircular con cubierta de teja y con dos ventanas en arco de medio punto con marcos de madera y repisa de concreto, alineadas de forma vertical.

Las fachadas laterales están conformadas por cuatro tramos subdivididos por pilastras de sección ortogonal, cada uno de estos tramos está constituido por dos ventanas en arco de medio punto unidas entre sí por la misma repisa de granito y por un parteluz o mainel de columna de fuste liso con capitel mixto y una ventana circular en la parte central.

Escalonadamente, está la fachada lateral de la nave central, con ventanas en arco de medio punto. Espacialmente, la planta arquitectónica es en cruz latina, con capillas laterales y presbiterio. Está formada por tres naves separadas entre sí por arcadas con columnas de granito de sección circular con fuste liso y capitel decorado con motivos geométricos, del lado izquierdo del ingreso –el cual tiene interiormente tres arcos de medio punto– se encuentran las escalinatas de acceso al coro. El coro tiene barandas con diseño florales, tres arcos en medio punto en la misma posición que en el primer nivel y las gradas de acceso a las torres campanario.

Hacia el altar mayor se encuentra el transepto, a cada lado están las capillas laterales también con vitrales en arco de medio punto y con una puerta de celosía de madera con una ventanilla en vitral en parte superior.

El presbiterio tiene a cada lado tres vitrales, dos en forma circular y uno en forma de arco de medio punto, el altar mayor se encuentra separado por una baranda de mampostería con molduras, complementado por un baldaquín a dosel en forma de cúpula sostenida por cinco columnas de granito con capitel románico con diseños geométricos y vegetales, el cual resguarda la imagen del crucificado de las Misericordias.

En el el interior del templo hay diferentes alturas y cielos abovedados, la nave central es de mayor altura que las laterales.

Cabe mencionar que todos los vitrales representan imágenes y escenas religiosas.

Exteriormente, cuenta con un atrio frontal en dirección a la 1ª avenida, del lado norte tiene las de oficinas parroquiales y del lado sur la Casa parroquial, ambas de características neocoloniales.

En lo que respecta a su estado actual, algunos de los vitrales presentan daños ocasionados por agentes antrópicos y se encuentran en proceso de restauración. Urbanísticamente, el entorno inmediato al inmueble es heterogéneo, con el Hospital General de arquitectura contemporánea del lado norte y área de parqueos del lado sur, el resto de edificaciones del contexto varían entre tendencia popular del art déco, arquitectura tradicional y edificaciones sin estilo definido.

Patrimonialmente, dadas las características del templo y su temporalidad, la capilla del Señor de las Misericordias, fue declarada Patrimonio Cultural, en la nómina establecida en el Artículo 3º del Acuerdo Ministerial 328-98 del Ministerio de Cultura y Deportes, en la que se le clasifica dentro de la Categoría Patrimonial “A” y se encuentra dentro de la delimitación del Centro Histórico de la Ciudad de Guatemala.