Tras la finalización de la construcción de la Catedral de Huehuetenango en el año 1874, se comenzó a planificar la reconstrucción de la Iglesia El Calvario, proyecto que dio inicio en 1885. Finalmente, el templo fue dedicado en 1901, marcando el regreso de la imagen del Señor de la Agonía a su camarín, una figura central de veneración en este santuario.

Durante el devastador terremoto de 1976, la catedral sufrió graves daños estructurales, lo que obligó a trasladar los oficios litúrgicos a la Iglesia El Calvario, la cual asumió un papel central en la vida religiosa de la comunidad.

En el año 2001, al cumplirse un siglo de historia desde su dedicación, el templo entró en una etapa de reconstrucción. Sin embargo, los trabajos fueron suspendidos pocos años después por orden judicial, a raíz de una acción interpuesta por la Oficina de Conservación del Patrimonio de la Nación del Instituto de Antropología e Historia (IDAEH). Tras cumplir con los requerimientos legales y técnicos exigidos por dicha institución, y con la debida autorización judicial, las obras de restauración fueron reanudadas en 2008, siguiendo estrictamente los criterios establecidos por Antropología e Historia.

El proceso de restauración culminó el 27 de junio de 2010, con un costo aproximado de un millón de quetzales. Ese mismo día, el templo fue entregado restaurado a monseñor Rodolfo Francisco Bobadilla Mata, quien a su vez lo entregó al párroco Marco Aurelio Alonzo. El 28 de junio de 2010, el párroco hizo entrega formal del templo a la comunidad de la Santa Cruz, a quienes fue confiada su administración y cuidado, responsabilidad que dicha comunidad mantiene hasta la actualidad.