Al finalizar la construcción de la Catedral en el año 1874, se empezó a planear la reconstrucción de la iglesia del Calvario, que dio inicio en el año de 1885. El templo del Calvario fue dedicado en el año de 1901, con lo cual la imagen del Señor de la Agonía, imagen central de este templo, regresó a su Camarín. Durante el terremoto de 1976, la catedral sufrió cuantiosos daños, por lo que los oficios litúrgicos fueron trasladados todos a la iglesia del Calvario.
En el año 2001, este templo, testigo de cien años de historia huehueteca; entró en una etapa de reconstrucción, los trabajos fueron suspendidos un par de años después, por orden de juez, mediante la acción interpuesta por la oficina de Conservación del Patrimonio de la Nación del Instituto de Antropología e Historia. Luego de solventar los requerimientos que la ley pide, con una orden del juzgado correspondiente y siguiendo los criterios emanados de Antropología e Historia; en el año 2008 se reiniciaron los trabajos de restauración del templo. El 27 de junio del 2010 se entregó el templo ya restaurado; —proceso que tuvo un costo de alrededor del millón de quetzales— a monseñor Rodolfo Francisco Bobadilla Mata que a su vez lo entregó al párroco Marco Aurelio Alonzo. El 28 de junio del 2010, el párroco Marco Aurelio Alonzo; hace entrega de este templo, para su administración y cuidado a la comunidad de la Santa Cruz, situación que perdura hasta la presente fecha.