San Juan Comalapa fue fundado en el año 1524, en el área que hoy ocupa el municipio de Comalapa, el nombre antiguo y cultural es llamado “Chi Xot”, que significa en el idioma Kaqchikel “en la fuente de los comales”

En 1839 pasó a formar parte del departamento de Chimaltenango. Posiblemente el municipio fue creado originalmente en la década de 1870, pero fue disuelto en 1886 y restituido nuevamente en 1895. En 1976 fue casi completamente destruido por el terremoto del 4 de febrero y posteriormente fue escenario de fuertes enfrentamientos entre el ejército y la guerrilla durante la guerra civil de Guatemala.

En el año de 1992, se inaugura el salón municipal, a un costado del edificio de la municipalidad.

Esta edificación se caracteriza por su tipología moderna y sobresale del edificio antiguo debido a su envergadura.

El 24 noviembre del año 2004, el alcalde y su Concejo Municipal acuerdan la necesidad de iniciar acciones que conlleven a la planificación de un nuevo edificio debido al deterioro del mismo, así mismo la necesidad de ampliarlo a dos niveles, ya que el espacio del predio es insuficiente para albergar a todas las dependencias municipales.

De tal manera se delega al EPS de la Facultad de Arquitectura de la Universidad de San Carlos de Guatemala USAC, los trabajos de planificación del nuevo edificio de la municipalidad de San Juan Comalapa.