Las gobernaciones departamentales tienen su origen en la época colonial, su organización la conformó La Capitanía General del Reino de Guatemala, cuando el territorio estaba administrado por el capitán general, los oídores o jueces de la Real Audiencia, los corregidores, los alcaldes mayores, los intendentes y los ayuntamientos, quienes gobernaban en nombre del rey de España.

Su origen se remonta a la época colonial, (fecha de la fundación de la Ciudad de Santiago de los Caballeros de Guatemala en 1,540), hasta la independencia en 1821, se les llamaba corregidores a los hoy gobernadores departamentales.

Durante el gobierno del general Justo Rufino Barrios, en 1,879, se emite la «Ley Orgánica del Gobierno Político de los Departamentos» Decreto 244, cuyo propósito era contribuir y obtener un buen régimen político, económico y administrativo del país, por lo que se le asignó a cada gobierno departamental un jefe, con lo cual aparece la figura de jefe político.

En el gobierno del general Jorge Ubico, en 1934, se emite el Decreto 1987 «Ley de Gobierno y Administración de los Departamentos «, con el cual se deroga el Decreto 244, pero permanece vigente la figura de jefe político.

Con la promulgación del Decreto 227, en el gobierno del doctor Juan José Arévalo se emite la Ley del Gobernador Departamental y la Institución «Gobernación Departamental», creada para la administración de los departamentos de la República de Guatemala. Dicha ley fue derogada posteriormente y actualmente se encuentra vigente el Decreto del Congreso de la República 114-97. «Ley del Organismo Ejecutivo», emitido en el año de 1987.

En la actualidad se les ha adicionado un nuevo rol con el cargo de presidentes de los consejos de desarrollo urbano y rural. Lo anterior sigue vigente dentro del marco de la «Ley del Organismo Ejecutivo», Decreto 114-97