El clima es cálido y húmedo, la lluvia es orográfica moderada e intensa bien distribuida durante el año. Predomina el viento que sopla del noreste con velocidad de 20 a 30 kilómetros, que se denomina «BRISA», por la noche y mañana suelen soplar los vientos se llaman «VIENTO ABAJO». En su condición de inundado en su mayoría son aptos para bosques naturales que se desarrollan en ambientes saturados de agua. Estos humedales presentan gran cantidad de especies como: el zapotón, sangre, barillo, cafecillo, Santa María y otras.

La fauna del humedal de Boca de Polochic es abundante siendo en su mayoría aves como: garzas, garza real, garzón gris, garza verde, cormorán, el gavilán caracolero, el martín pescador de collar, el amazonas, el pigmeo. Hay aves difíciles de observar como el avetorito americano, gavilán pecho naranja, paloma escamosa, loro cabeza blanca.

En los mamíferos resalta el Manatí como especie emblemática del humedal, se considera que Bocas del Polochic es un lugar clave para el proceso de producción alimenticia y descanso para dicha especie debido a las condiciones propias de la zona existente donde hay gran presencia de crías. El mono aullador negro, nutria, jaguar, puma, ocelote, margay, jaguarundi, tapir o danta. 2 especies cinegéticas codiciadas por su carne como el venado cola blanca, tepezcuintle. 10 especies de murciélagos como: uroderma, billobatum, sturniralilium. 138 especies de reptiles y anfibios como: tortugas caguamo o casquito o culuco. Existe una especie de cocodrilo aunque su población es reducida. Existen en el lugar algunas serpientes venenosas como la barba amarilla, mano de piedra, el coral y algunas otras. También hay especies no venenosas como la mazacuata y el bejuquillo. 21 especies de peces tanto primarios como periféricos como: el pez sierra y tiburón de agua dulce y peces endémicos como cichlasoma spinossisimun .