Las asociaciones vegetales predominantes son: coníferas y latifoliadas en los espacios altos y en la parte sur. Las coníferas más comunes son: ciprés común, pino blanco, pino colorado. Entre los latifoliados de altura asociados a coníferas los más comunes son aliso, encino o roble, el madrón, el laurel.

Actualmente el bosque Municipal no tiene información sobre la fauna existente, sin embargo en la elaboración del estudio técnico se pudo observar al pavo de cacho y el quetzalillo, en la parte sur del área protegida se puede encontrar la mayor cantidad de especies de fauna porque es la parte más aislada, con cobertura forestal y menos presionada por la población humana.

Su clasificación es bosque húmedo montano bajo sub-trópical. El clima del área esta clasificado como frío , húmedo seco en estas regiones de montañas volcánicas altas pero predominantemente frío con una temperatura media anual de 14 grados centígrados, siendo los meses más fríos de noviembre a marzo, la precipitación anual es de 2500 mm, los meses mas húmedos son de mayo a octubre.
Los suelos son de serie zacualpa cuyo material se origina por ceniza volcánica, relieve inclinado, color superficial café a café claro, textura franco arenosa, susceptibilidad a la erosión alta, al sur y sureste predomina serie ostuncalco cuyo material es de origen volcánico, formaciones pumíticas (piedra pomes o poma) de textura fina y particular muy pequeñas, espacios de suelos donde predominan los ordenes: andisoles y entisoles.

El lugar más alto del área se encuentra en el punto denominado La Perla, con una altitud de 1,973 msnm por lo que la altitudinal es variación de 1,067 m. Esta área esta representada por rocas ígneas y metamórficas del período terciario. Los ríos importantes en el municipio son: Río Palatzá, Río Santo, Son San Isidro, El Cangrejo y El Naranjo. Entre los riachuelos de importancia pueden mencionarse: Buena Vista, El Parmaso, Hidalgo, La Esperanza, Las Brisas, Las Lucitas, Piedras Negras, Primero Dios. Dentro del área están los nacimientos que surten agua para el consumo humano a la cabecera municipal y comunidades de influencia. Según la clasificación Holdridge aunque en el municipio hay una franja de bosque muy húmedo subtropical cálido, el polígono es totalmente un bosque muy húmedo montano bajo subtropical de relieve accidentado.

La variabilidad en su fisiografía y variaciones altitudinales y climáticas la hacen refugio de especies de diferentes hábitats. En el área sur se puede encontrar la mayor cantidad de especies de fauna porque es la parte más aislada, con cobertura vegetal y menos presionada por parte de la población humana. Se pueden encontrar ecosistemas naturales y varios arroyos intermitentes sin captar. Dentro de la presencia de fauna existente se puede observar: gorriones, lagartijas, culebras, zanates, chocoyos, pavos de cacho, chipes rosados, chachas, gallinas de monte, pinpines, ronrones, zorros, ardillas, gavilanes, codornices, quetzalillos.

Información del Plan Maestro de «Parque Regional Municipal Astillero 1 y 2 San Pedro Sacatepéquez, San Marcos»- CONAP