La destrucción de la iglesia de Santa Catarina, junto con la pérdida de gran parte del barrio que la rodeaba, representó un golpe decisivo para la población de Retalhuleu. En respuesta, la iglesia de San Antonio recibió parte de las imágenes y bienes provenientes del templo destruido, incluyendo uno de los retablos que aún se conservan en su interior.

En 1886, se construyó un nuevo altar mayor en el templo de San Antonio, el cual fue inaugurado y bendecido el miércoles 9 de febrero de 1887.

Un año después, en 1888, la Sociedad de Beneficencia, encargada de las mejoras del templo, solicitó al presidente de la República de Guatemala, general Manuel Lisandro Barillas, un reloj para la torre central, que por entonces estaba en construcción. El presidente gestionó la compra del reloj en Inglaterra y lo pagó con fondos propios, por un valor de 2,380 pesos.

En 1895, se inauguró el primer tramo de la baranda que rodearía el atrio del templo, con el objetivo de protegerlo de las constantes invasiones de comerciantes del mercado ubicado en los alrededores. La instalación de esta baranda fue gestionada por un comité liderado por Cornelio Escobar, con el apoyo económico del presidente de la República. La estructura fue fabricada en el taller de herrería y forja «El Campeón», propiedad de Samuel F. Lord, siendo alcalde en ese entonces don Manuel Flores.

Sin embargo, el 28 de octubre de 1902, la actividad del volcán Santa María provocó un fuerte terremoto que causó graves daños al templo de San Antonio. La cúpula se agrietó, los campanarios y la torre central con su reloj colapsaron, y la baranda que unía las tres torres también fue destruida. Asimismo, se perdió un valioso órgano de trompetas de origen holandés, donado en 1892 por Elena Sologaistoa. El temblor también dañó el caracol del costado derecho, que daba acceso a los campanarios desde una puerta exterior.

Durante los dos años siguientes no se celebraron misas bajo la cúpula dañada. En su lugar, se construyó una torre provisional sobre la cornisa frontal, donde fueron colocadas algunas campanas. Los trabajos de reconstrucción de la cúpula iniciaron a finales de 1902 y concluyeron el lunes 26 de junio de 1905, siendo párroco el padre Víctor de Greve.

La reconstrucción total del templo tomó cerca de tres años, y finalmente fue concluida el jueves 27 de mayo de 1915. Ese día, el padre de Greve celebró una solemne misa; todo el pueblo católico se vistió de gala y se llevaron a cabo festejos durante tres días consecutivos.