La destrucción de la iglesia de Santa Catarina y lo esencial del mismo barrio, fue un golpe decisivo a la población de Retalhuleu. La iglesia de San Antonio recibió parte de las imágenes y propiedades, incluyendo uno de los retablos que están en el templo actual.

Durante el año 1886 fue construido en el templo de San Antonio, un nuevo altar mayor, que fue estrenado y bendecido el miércoles 9 de febrero de 1887.

La sociedad de beneficencia que trabajaba por las mejoras del templo de San Antonio en el año 1888 solicitó al presidente de la república de Guatemala, general Manuel Lisandro Barillas, un reloj para su torre central en construcción. El general Manuel Lisandro Barillas pidió este reloj a Inglaterra y se sabe que lo pagó de su propio pecunio a un precio de 2,380.00 pesos.

A mediados de 1895 se inauguró el primer tramo de la baranda para circular el atrio del templo de San Antonio, con el objetivo de protegerlo de las invasiones de la gente del mercado que estaba a su alrededor.

Existió en ese tiempo, para la adquisición e instalación de esa baranda, un comité dirigido por Cornelio Escobar y en ese año el presidente de la república, colaboró económicamente con dicho comité. La baranda fue construida en el taller de herrería y forja llamado “El Campeón” de Samuel F. Lord, siendo alcalde don Manuel Flores.

El volcán Santa María en octubre de 1902 se puso en actividad durante varios días y en la madrugada del jueves 28 de octubre, un fuerte temblor, rajó la cúpula del templo de San Antonio, derribó los campanarios con la torre central y su reloj, con la baranda que unía las tres torres, destruyó un bellísimo órgano de trompetas de origen holandés obsequiado por Elena Sologaistoa en 1892. También dañó el caracol del costado derecho que daba acceso por una puerta exterior a los campanarios.

Durante dos años no celebraron misas bajo la cúpula rajada del templo. Sobre la cornisa frontal fue construida una torre provisional en donde instalaron unas campanas y desde los últimos días de 1902 comenzó el trabajo de reconstrucción de la cúpula, concluyendo, para bendecirla el lunes 26 de junio de 1905, siendo párroco el padre Víctor de Greve.

La reconstrucción de la iglesia tardó tres años, siendo terminados los trabajos el jueves 27 de mayo de 1915. El padre de Greve celebró solemne misa, todo el pueblo católico vistió de gala y hubo fiesta tres días.