La construcción de la iglesia fue realizada durante la administración como provincial de Fray Diego de Ocaña (1676-1680) del cual Francisco Fuentes y Guzmán comenta: “…de muy ilustrado con la nueva fábrica de su iglesia parroquial y sacristía de insigne artesón y cubierta de teja…”.

Y así lo informa Fray Francisco de Suaza en 1689, cuando dicha iglesia pertenecía al convento de Panajachel, con doscientas noventa y siete personas de habla Kaqchikel y 18 ladinos y un aumento de 206 familias con 230 personas indias como lo comenta el Arzobispo Pedro Cortés y Larraz en 1770.

La iglesia de San Andrés Semetabaj es una de las más antiguas de la era colonial. En el libro “Recordación Florida” hablan de la belleza arquitectónica y artística de este templo y su convento, ya que es de las primeras iglesias de Sololá que se construyeron

Los terremotos de Santa Marta en 1773 provocaron serios daños al templo, otro terremoto en 1816 terminó de arruinar lo poco que se mantenía en pie.

En el año de 1884 como consecuencia de la expropiación a la iglesia católica promulgada por el general Justo Rufino Barrios, el cementerio, el templo y convento son cedidos a la municipalidad ya estaban en ruinas ambos edificios. El templo que a principios del siglo XX se encontraba en condiciones precarias fue abandonado hasta los años 1960 – 1965, período durante el cual fue intervenido por grupos religiosos de la localidad, integrando nueva cubierta, cúpula y muro lateral.

El terremoto de 1976 provocó el colapso del techo, daños severos a la fachada y muros laterales. A partir de esa fecha el conjunto quedó completamente abandonado lo que provocó su deterioro acelerado. En el año 2001 se realizaron trabajos de restauración.

Patrimonialmente: El inmueble forma parte de la nómina de Bienes Culturales como Categoría Patrimonial “A” y se encuentra declarado como Monumento de la República de Guatemala en el Acuerdo Ministerial 1210 del 12 de junio de 1970.