Construida entre 1756 – 1776 por el presbítero Juan Antonio Barahona Gallardo y terminada por su hermano José Barahona Gallardo. El constructor era discípulo de Diego José de Porres, que años antes había construido la Basílica del Señor Crucificado de Esquipulas. La iglesia es de una sola nave. Fue reconstruida por fray José Antonio Márquez en 1961. Fue partida en dos a lo largo en el terremoto de 1976. Fue reconstruida en 1980 al 86 con la ayuda de ADVENIAT y el gran esfuerzo del pueblo noble y piadoso de Quezaltepeque. En su inicio la obra fue dirigida por fray Francisco Gaca y concluida por fray Francisco Pietruch Su altar mayor a estilo de la Iglesia renesonso tallado por el artista Fidel Guerrero de Antigua Guatemala es obra del Vicario Parroquial de Quezaltepeque de los años 1985-88 con una gran colaboración del párroco fray Francisco Pietruch. En un lateral se conserva un altar colonial.

Párrocos

La Parroquia de San Francisco de Asís, ha sido atendida pastoralmente por los siguientes sacerdotes:

* Pbro. Arnoldo Meza 1951-1958
* Fray Luis de Ausejo 1959-1961
* Fray José Antonio Márquez 1961-1968
* Fray Julián de Montefrío 1968-1972
* Fray Rafael Pozo 1972-1974
* Fray Estanislao Ciochón 1974-1981
* Fray Francisco Gaca 1981-1986
* Fray Francisco Pietruch 1986-1989
* Fray Stanislao Miciuk 1989-1990
* Fray Estanislao Filipek 1990-1994
* Fray Milton Alirio Jordán Chigua 1994-1997
* Fray Francisco Pietruch 1997-2000

Fuente:
https://www.diocesisdezacapa.org/parroquia-san-francisco-de-asis-qt