El Museo Nacional de Historia Natural y Jardin Botanico de la Universidad de San Carlos de Guatemala, alberga una colección de plantas vivas aproximadamente de 450 especies tanto nacionales como extranjeras. Además, cuenta con una de las primeras colecciones, constituidas en el país. Su exhibición contiene muestras de animales disecados, minerales y fósiles, sumando alrededor de 53,270 ejemplares. Según la página oficial del Jardin Botánico este tiene como Misión y Visión lo siguiente:

Misión

El Jardín Botánico es una unidad especializada en el cultivo y mantenimiento de colecciones botánicas vivas (Jardín Botánico e Index Seminun) y mantenimiento de colecciones botánicas herborizadas (Herbario), donde se lleva a cabo la investigación, conservación y educación.

Visión

El Jardín Botánico, unidad del CECON, es identificable por los organismos universitarios, Jardines Botánicos e instituciones afines en el extranjero y otras instituciones nacionales e internacionales que trabajan en la investigación, conservación y educación, porque está inmerso dentro de las grandes líneas mundiales de acción sobre conservación y el manejo adecuado de sus colecciones botánicas.