El museo fue creado para promover y divulgar el patrimonio arqueológico del Lago de Atitlán. Posee cinco salas en las que se explica cómo se formó el Lago, los diferentes tipos de volcanes y los tipos de erupciones que existen; también, cómo llegaron los primeros pobladores al Lago. El tema principal del museo es la arqueología subacuática del Preclásico, Clásico y Postclásico. La sala Samabaj es una fascinante experiencia que lleva al visitante a bucear por una ciudad sumergida en el Lago desde hace 1,700 años.

El fundador del Museo Lacustre, ha invertido en una investigación subacuática gracias a los importantes hallazgos de piezas Mayas ancestrales que yacían en el fondo del Lago. Con todas estas piezas inauguró la primera sala del Museo en el 2000. La segunda sala, abierta al público el 2 de diciembre de 2011, lleva al visitante por un viaje en el fondo del Lago y recrea el momento en que encontró “Samabaj”, una antigua ciudad Maya que ha estado sumergida por más de 1700 años. En el museo se exhiben algunas piezas arqueológicas halladas en el sitio, una maqueta de la ciudad descubierta, así como murales fotográficos del lugar.