El museo abrió sus puertas en 1982, para que los visitantes puedan apreciar objetos religiosos como las pertenencias del Santo Hermano Pedro que han sido resguardadas por la Congregación franciscana.

El Museo de Arte Religioso del Santo Hermano Pedro, consta de tres salas: la sala Colonial, el Pasillo de los Milagros y la sala del Hermano Pedro, donde se exponen objetos religiosos que han pertenecido a la Congregación Franciscana desde la época colonial; entre éstos, se encuentran: cuadros, imágenes, vestimenta sacerdotal, documentos antiguos, un retablo del siglo diecisiete, colecciones de algunas piezas de cerámica maya y otros.

Entre las pertenencias del Santo Hermano Pedro están la vestimenta, capa, bastón y sombrero dentro del cual llevaba la imagen del Niño Dios. También, se pueden apreciar los cofres donde estuvieron depositados los restos mortales del Santo desde 1817 hasta 1990, cuando fueron trasladado al nuevo y actual sepulcro.