Por orden del general e ingeniero Miguel Ydígoras Fuentes, presidente constitucional de la República de Guatemala, se emite Acuerdo Presidencial del 15 de enero de 1959, creando la Marina de la Defensa Nacional en el puerto de Santo Tomás de Castilla, juntamente con la marina mercante. En esa memorable fecha la Marina inició sus operaciones en las instalaciones de este Comando Naval, siendo la primera dependencia que la conformaba.

El primer comandante de la Marina de la Defensa Nacional fue el teniente coronel de artillería Manuel Francisco Sosa Ávila, quien inicia la primera travesía registrada en la bitácora de la historia de este prestigioso Comando Naval.

En los albores de este Comando la historia registra que las primeras tres embarcaciones asignadas fueron de madera, tipo ballenera de cincuenta pies de eslora y motor central, fueron bautizadas con los nombres de: Retalhuleu, Mazatenango y Escuintla, en honor a esos departamentos de nuestra patria.

El gobierno de Suecia donó a nuestro al país una embarcación de gran porte que luego fue convertida en una cañonera siendo bautizada el 25 de septiembre de 1,959 con el nombre de Francisco Barrundia, en honor a uno de los próceres de nuestra independencia.

Durante el mes de noviembre de 1,961 llegaron dos lanchas patrulleras de 28 pies de eslora asignadas en un principio al Ministerio de Hacienda y Crédito Público, poco después pasaron al inventario del Ministerio de la Defensa Nacional, siendo bautizadas con los nombres «Xucuxuy» y «Camalote», juntas establecieron vigilancia en los ríos Sarstún, Dulce y el Lago de Izabal.
En Julio de 1,962, dentro del programa de asistencia Militar de Estados Unidos de Norteamérica, fue transferida por la armada de dicho país la gabarra taller llamada «YR-40» a la Marina de la Defensa Nacional llenando así uno de los principales requerimientos de apoyo logístico como lo es el mantenimiento de las unidades flotantes.

Dentro de ese mismo programa de asistencia militar, el 10 de abril de 1,963 arribaron al Puerto de Santo Tomás de Castilla, a bordo de la motonave Choluteca, dos lanchas patrulleras de 40 pies de eslora que fueron bautizadas con los nombres de «Tikal» e «Iximché» y que ahora ven pasar el tiempo engalanando los portalones de los Comandos Navales del Caribe y el Pacífico.

En octubre de 1964, llega una lancha de madera de 63 pies de eslora utilizada para el rescate de pilotos en la mar, esta fue bautizada con el nombre de «Cabracán» siendo artillada y transformada en un patrullero, la cual sirvió de modelo para la construcción en Guatemala de otro similar, al que se le bautizó como «Hunahpú» .

El Ministerio de la Defensa Nacional, a través del Sistema de Compras Militares (FMS), adquirió una barcaza de 56 pies eslora de casco de acero, tipo LCM-6B, reconstruida, bautizándola con el nombre de «Chimaltenango», la cual se artilló en Guatemala con dos ametralladoras calibre .30 pulgadas esta barcaza transportó los tractores del Batallón de Ingenieros del Ejército desde Puerto Barrios, a través de la Bahía de Amatique y Río Sarstún, a Modesto Méndez, donde fueron desembarcados para ser utilizados en la construcción de caminos en el departamento de El Petén.

En diciembre de 1971 arribaron al Puerto de Santo Tomás de Castilla tres patrulleros construidos en los Estados Unidos de América, de casco de aluminio y 65 pies de eslora, bautizados con los nombres de «Tecún Umán» , «Kaibil Balám» y «Azumanché» siendo trasladadas posteriormente al Océano Pacífico para la creación de una base naval.

En octubre de 1972, se recibió el último patrullero dentro del plan de ayuda militar, embarcación gemela del «Utatlán» y construida por los mismos astilleros de Seward Seacraft en New Orleans, la cual fue bautizada con el nombre de «Osorio Saravia».

En el año de 1972 debido a la creación de una nueva Base Naval en el litoral Pacífico se asignó a estas instalaciones una nueva denominación conociéndose desde entonces como Base Naval del Atlántico y la ubicada en el sur del país como Base Naval del Pacífico.

En el año de 1973 se logra adquirir un elevador marino el cual fue proporcionado a esta base naval a través del Ministerio de la Defensa Nacional. Además, en 1976, se adquirieron dos patrulleros de cascos de aluminio de 65 pies de eslora tipo «Tecún Umán», siendo bautizados con los nombres de «Tzacol» y «Bitol», un patrullero de casco de aluminio de 105 pies de eslora bautizado con el nombre de «Kukulkan» y dos barcazas rápidas de casco de aluminio con motores hidro-jet para transporte de personal, a las que se les bautizó como «Barracuda» y «Picuda».

Ese mismo año se inaugura el edificio del taller de mantenimiento construido en tierra llevándose a sus instalaciones todo el equipo y herramienta que se encontraba a bordo del barco taller YR-40 el cual se había adquirido en años anteriores, consistentes en, maquinaria de torno herramienta de carpintería soldadura y mecánica continuando con estos medios los trabajos de reparación en los buques patrulleros y en las instalaciones de esta base naval.

En diciembre de 1979 durante el gobierno del general Fernando Romeo Lucas García, se amplían las actuales instalaciones de la entonces Base Naval del Atlántico. Fue hasta el 3 de agosto del 2004 cuando por Acuerdo Gubernativo 223-2004, se reorganiza la Marina de la Defensa Nacional, asignándole un nuevo nombre a estas instalaciones conociéndose desde entonces como Comando Naval del Caribe, con sede en el municipio de Puerto Barrios, departamento de Izabal.