El sitio se localiza en una pequeña planicie rodeada de cerros kársticos con difícil acceso debido a que el Río es muy rápido y no es navegable. Los elementos del paisaje son únicos como Cavernas naturales: Espolón y Achiotalito, nacimientos de ríos como Machaquilaito y Jabalí. El suelo es de residuos de roca caliza, de relieve plano con peligro de erosión bajo 0-5%, con drenaje interno muy lento. El suelo superficial es de color café grisáceo muy obscuro de textura arcillosa. El habitat predominante en Machaquilá es el bosque húmedo subtropical con ligeras variaciones en la composición de especies, dependiendo de la cercanía a fuentes permanentes de agua. Hacia los Pinares de Poptún el bosque es dominado por pino del caribe, y al Este hacia las Cumbres del Sur los bosques son de encino, liquidámbar, cipresillo y al Sur Montañas Mayas y Belice se encuentran bosques latifoliados donde abundan especies tropicales algo más seca y baja. El sistema de preparación de la tierra para usos agropecuarios se caracteriza por la técnica de tumba y quema, característica de la agricultura migratoria en suelo poco productivo y relieve escarpado para producción de granos básicos para el consumo local(frijol y maíz). Entre los animales se puede encontrar la rana, especie en peligro de extinción, aves, electrón, carinatum, chachalaca, toloboj, pico anillado, carpintero castaño, trepatroncos, monquerito, tángara, rascadorcito, oropéndulo, dantes, tapires, están disminuyendo debido a la pérdida de su habitat y cacería.