El Clima es cálido y húmedo. Era Área Protegida contiene variedad de humedales los cuales incluyen ecosistemas acuáticos y planicies inundados, contiene como cuerpo principal de agua la Laguna de Lachuá, tiene una extensión de 400 hectáreas, de profundidad 222 metros y 8 kilómetros de perímetro. El lecho es kárstico con alto contenido de azufre y altas concentraciones de sales de calcio. El afluente superficial que abastece la Laguna es el Río Peyán y temporalmente por el Río Escondido, la Laguna drena hacia el Río Chixoy por el Río Lachuá y Río Altar ambos afluentes del Río Icbolay. Existen otros ríos en el área como el La Machaca, todo el sistema pertenece a 3 subcuencas, estos conforman 14 micro cuencas en la Región.El nombre Lachuá deriva del quecki de LA-CHU-HA, que significa «Agua que huele mal», «Agua que hiede», «Agua de Nalga», posiblemente por los gases de azufre en las orillas de la laguna.la Laguna de Lachuá en cierta época del año se convierte en una ruta de paso o destino final de varias especies de aves migratorias, entre ellas están: El Pato.