El segundo departamento donde se logra establecer la iglesia cristiana luego de la capital es Huehuetenango, en un viaje exploratorio realizado en 1906 con la participación del Sr. Luther Rees, miembros del Concilio de la Misión Centroamericana, se decidió que la familia Toms se trasladara a Huehuetenango para establecer la obra allí. Así fue como el 5 de marzo de 1907 don Francisco, su esposa Anita y sus hijos Carrie y Herbert llegaron a dicha ciudad.

Parece que el obrero José María Ramírez había ya predicado en la cabecera y otros pueblos; así que el testimonio del evangelio no era totalmente nuevo. Al año de su llegada, don Francisco bautizó al primer grupo de convertidos: cuatro hombres y seis mujeres, y poco después habla de que había 20 creyentes. Cinco años más tarde, en 1913, el número de creyentes había aumentado a 100.

Entre los más destacados de ese grupo estaban la señorita Lola Castillo y su hermano, el coronel Juan Castillo. Las cartas de don Francisco hablan del trabajo de Lola, visitando casa por casa en los pueblos. Cuando estuvo con una compañera en Chiantla, un pueblo muy fanático, una turba atacó la casa en que estaban hospedadas, quebrando las ventanas con piedras. Juan Castillo parece haber sido uno de los primeros convertidos bajo la predicación del hermano Toms. El evangelizaba no sólo en español, sino también en el idioma mam, predicando a veces a grupos de indígenas en el patio de su casa.

El mensaje fue llevado a los pueblos del departamento en viajes que podían durar varias semanas. Tanto don Francisco como su hijo Herbert Toms participaron en estas giras como hermanos nacionales. Por ejemplo, del 14 de marzo al 18 de mayo de 1913 los hermanos Juan Castillo, Abraham Quilo y Heberto Toms hicieron un viaje por todos los pueblos del Norte del departamento y contaron que habían predicado 54 veces y que grupos de 2 personas hasta 3000 habían escuchado. Es como da inicio la Iglesia en Huehuetenango fundándose en 1908.

En esta se tomas las decisiones de forma democrática ya que los periodos de los pastores y demás personas a cargo son de 3 a 5 años con opción a la reelección entre los pastores encontramos:

-Luis Felipe Martínez
-Mefi Gocep Ríos
-Samuel Revolorio
-Jaime Rodríguez
-Jorge Orozco

Actualmente con ya más de 10 años en el puesto el Pastor Oscar Ávila, quien lidera la iglesia de forma horizontal junto a los pastores y los ancianos.