La precipitación promedio anual es de 1,344 mm. existe humedad relativa media de un 74% a la intemperie 187.7 mm., San Benito cuenta con un clima cálido con invierno benigno húmedo y sin estación seca, la temperatura media es de 39.6 grados. El viento predomina de Norte a Sur, Sureste y Noreste con velocidad 99 km/hr., nubosidad 5octas, cuenta con 2 series de suelos, al Sureste cuenta con suelos chacalté (CHA) y al Noreste los suelos sotz (sz), cuenta con rocas calizas duras como material madre, relieve quebrado duras como material madre, drenaje interno bueno, color café obscuro con drenaje rápido muy bajo en peligro de erosión y fertilidad natural alta. Las series de suelos sotz correlacionan con áreas de karstaplanado con pequeña cadenas o mogotes residuales aislados, sobre un relieve plano a ligeramente ondulado y la roca madre esta constituido y resideros de calizas. San Benito se ubica en terrazas y planicies kársticas con unidad de paisaje denominado lomas de kársterosionados en terrazas de roca caliza y lomas kársticas erosionada. Dentro de los polígonos del Parque Cuevas El Tecolote no existen fuentes de agua como tal, su ubicación se encuentra en la zona biogegráfica del Neotrópico, las zonas de bosque se ubican en el bosque húmedo subtrópical cálido. En la flora se han identificado gran diversidad de especies tanto de valor comercial y no comercial. Dentro de las especies están: amapola, carmito, caulote, chacaj, copal, javin, jobo, laurel, majahua, tzalam, guarumo, jobillo.