Cuando el municipio de Palín comenzó a poblarse en 1524, no contaba con un cementerio. El primero se estableció en uno de los terrenos de la iglesia católica, ubicado a un costado de la misma; actualmente, en ese lugar se encuentra el convento parroquial de San Cristóbal Mártir.

Posteriormente, por órdenes del sacerdote de la parroquia, se prohibió el funcionamiento del cementerio en ese sitio, lo que obligó a construir uno nuevo al oeste de la población, a unos 50 metros de la iglesia. Este segundo cementerio permaneció en servicio durante varios años, hasta que se decidió buscar un lugar definitivo.

En la actualidad, el Cementerio General de Palín se encuentra en un terreno donado por el señor Arturo Paiz. En 1950 se construyó la infraestructura de la entrada principal, consolidando su ubicación permanente.

Hoy está situado en el casco urbano, en la 2.ª avenida del Barrio San José, zona 4, sobre la Calzada Juan Pablo Segundo.