La precipitación promedio anual es de 1,000 a 1,600 mm. la temperatura promedio máximo es de 18°C y la mínima 12°C. El viento predominante es Sur-Este, el suelo según Tárano, Simons es de tipo camanchá, textura franca de 50 cm de espesor. Es un área de recarga hídrica, en la cual hay 8 nacimientos de agua. En su estructura, posee grandes barrancos y pronunciadas que contienen bosques maduros.

Existe una altiplanicie denominada local Papa’a la que da nombre a toda la región. El cerro es un antiguo volcán que colapsó en el evento denominado Los Chocoyos hace 80,000 años, el cual expuso la cadena volcánica y formó la actual cuenca del lago de Atitlán, constituyendo uno de los cerros más altos con 2,960 msnm, varios macizos montañosos y estribaciones con muchas pendientes las cuales se encuentran bastante conservadas hacia la cuenca del lago de Atitlán.

Dentro del área están ubicadas las fuentes de agua que proveen agua potable a las comunidades: San Pedro, San Pablo y San Marcos La Laguna.

Biogeográficamente el área de la cuenca se encuentra dentro de la zona de tierras altas de la Sierra neotropical y neoartica donde se manifiestan especies representativas debido a las condiciones de altura y humedad. El área donde se ubica el Cerro Papa’a pertenece a la categoría de bosque húmedo montano bajo, contiene gran cobertura vegetal tanto adentro como en los alrededores, presentando 3 estratos con características de bosque maduro, sotobosque, medio y dosel.

Sus límites altitudinales están delimitados fuertemente por factores climáticos como: humedales, temperatura y geología. La parte alta esta dominada por especies enormes de encinos, robles, pino acompañado por una gran diversidad de especies árboreas, arbustivas y herbáceas. En la parte media baja el cerro presenta especies arbustivas en estado guatal, donde se observan procesos de sucesión ecológica. En sus alrededores se pueden localizar asociaciones vegetales(rodales de aliso, cultivos de maíz y frijol) y sistemas agroforestales (café) con especies leñosas, frutales aisladas como aguacate.

En la parte baja del inicio de la cuenca llega establecerse un tipo de vegetación xérica a orilla del lago de Atitlán, compuesta por árboles de encino, caducifolios, palo de jiote, palo de pito, maguey y nopal. Dentro de la flora esta: el encino, roble o patam, qanoj o aguadillo, pino, aliso, palo de murciélago, nancillo. Se considera que la flora es de alta importancia económica ya que el uso de plantas arbóreas, arbustivas y herbáceas es bastante extensa. Existen 174 especies vegetales empleadas para uso medicinal, alimento, artesanía, industria, combustible, construcción, ornamento y ceremoniales religiosos por parte de comunidades de San Pedro, San Juan, Santa Clara y San Marcos La Laguna, siendo un 78% nativas y el resto han sido introducidas en el lugar.

Existen muchas especies de mamíferos y aves, diversidad de reptiles: serpientes, lagartijas, ranas y salamandras.

También se pueden observar mamíferos como: armadillos, ardillas, ratones, coyotes, gatos de monte, zorros grises, comadrejas, pericos ligeros, pumas con color, venados cola blanca.

Dentro de las aves están: pájaros carpinteros, guardabarrancos, sharas, bolseros, chipes, colibríes, halcones cola blanca, otros halcones en el sitio.

Existen muchos proyectos de reforestación del lugar pero tienen muchos limitantes para esta actividad debido a que los terrenos no son aptos para la reforestación debido a los afloramientos rocosos.