La distribución de lluvia durante el año se caracteriza por una época seca (verano) que se extiende de noviembre a marzo y la época de lluvia (invierno) inicia en abril termina en octubre. La humedad relativa es un 75% anual.

Los suelos según clasificación de Simmons son:

Cima volcánica, perteneciente a conos volcánicos de reciente formación con un declive aproximadamente de 65%, regularmente sin cobertura vegetal y ningún uso agrícola y forestal.

Serie Alotenango, son suelos excesivamente drenados, característicos de lugares inclinados a muy inclinados, el color va de café oscuro a café muy oscuro de consistencia suelta, fertilidad regular, textura franca arenosa y de erosión alta. La profundidad de estos suelos es de 25 a 50 cm.

Serie Palín, desarrollados a partir de material grueso, expulsado por el volcán de Fuego en períodos recientes. Declive de suelos entre 40 y 60% de pendientes, el drenaje es rápido, capacidad de abastecimiento de agua es muy bajo, baja fertilidad y alta erosión.

Serie Cauqué, ceniza volcánica pomácea de color claro, pertenecientes a relieves ondulados a fuertemente inclinados, posee drenaje interno muy bueno, son de color café muy claros de textura franco arcillosa y profundidad de 75 cm, el municipio de Santa María de Jesús pertenece al paisaje de tierras altas volcánicas y se encuentra dividido en 2 regiones: Volcán de Agua y Montañas Volcánicas de Centro del país, en las dos regiones hay suelos formados por rocas ígneas y metamórficas del período terciario compuesto por rocas volcánicas sin dividir predominante del mioplioceno incluyendo tovas volcánicas, coladas de lava, material lahárico y sedimentos volcánicos. Las zonas de vida en la subcuenca del río Pensamiento-Alto Guacalate.

1) Bosque húmedo Montano Bajo, esta formación abarca una área 48.2 km constituye un 12% de la subcuenca, se ubica en el noreste de la cuenca río Achiguate en faldas de volcanes de Agua, Fuego y Acatenango. Pasando en San Miguel Dueñas hasta Parramos. En la región noreste se extiende de las faldas del volcán de Agua abarca Palín, San Antonio Aguas Calientes.

2) Bosque Muy Húmedo Montano Bajo.

3) Bosque muy húmedo subtropical cálido. El clima es frío, topografía accidentada en laderas de volcanes, área forestal, la vegetación dominante es cupressus lusitánica, chyranto dendron pentadactylon, pinus ayacahuite, pinus nartwegii otras que se observan son alnus jorullensis y quercus spp.

Dentro de la flora esta: llamo, laurel, mano de león, pino, ciprés, tempisque, encino, guachipilín, chilca, aguacate, aguacatillo, palo de jiote, guayaba, taciscobo, maguey, pitahaya, orquídeas, tigrillo, pata de gallo.

El bosque latifolidado de coníferas y bosque secundario arbustal. El tipo de cobertura forestal es importante desde el punto de vista ecológico y socioeconómico.

La fauna característica del Municipio se asocia con cultivos: zanates, clarineros, ardillas, armados, tacuazines, armadillos, loros, gorriones, zopilotes.

Dentro del área propuesta es de uso de la tierra es forestal, hay tanque de captación de agua, nacimientos donde alrededor se desarrolla la agrícultura como lo es: maíz, frijol para autoconsumo, producción de hortalizas como fuente de ingresos económicos como: arveja china, zucchini. El uso de la tierra es de cultivos limpios seguidos de bosques secundarios que fue explotado y ahora es arbustal. La leña se obtiene en terrenos privados y posesionarios, la producción y crianza de ganado se realiza a nivel familiar: bovino, porcino y aviar, cuenta con 3 pozos mecánicos que abastecen de agua a la población, 2 nacimientos de agua que son fuente de: Chicapitán y Chuya. Las cuencas que inciden en el municipio son: río Achiguate, río Maria Linda. Cuenta con bosque latifoliado conservando su ecosistema natural con especies de flora y fauna silvestre, además cuenta con manantiales.