Esta casa fue construida a finales del siglo XVIII por Don Francisco Cóbar Porras, quien estaba casado con Doña María Engracia Alejos y Alejos. Doña Engracia era hija de Don Tomás Alejos y Limón, nacido en Retalhuleu el 21 de diciembre de 1820, y su descendencia pertenece a la familia Alejos y Limón.

Don Francisco Cóbar Porras y Doña María Engracia Alejos y Alejos vivieron en esta residencia durante muchos años, donde nacieron sus hijos y bisnietos. La genealogía de su descendencia se puede consultar en el libro Los Gutiérrez Marroquín.

Se sabe que la residencia fue expropiada posteriormente para ser utilizada como vivienda del Gobernador de Retalhuleu. Según las anotaciones de Don Ernesto Ruiz Cóbar: “En una de las visitas departamentales en 1938, el entonces Presidente General Jorge Ubico citó a la Jefatura Política a las integrantes de la familia Alejos Cóbar, indicándoles que debían vender la casa. La razón fue que, al ser varias herederas, podrían surgir problemas de herencia, y se les pagó Q3,000. De esta manera, la residencia pasó a ser conocida como la Casa Nacional, destinada al Jefe Político de Retalhuleu”.

Los Jefes Políticos, hoy conocidos como Gobernadores, eran nombrados por el Presidente y pertenecían al Ejército. El último Gobernador Militar que habitó la Casa Nacional fue el Coronel de Infantería Pedro Meyer Aragón, mientras que el primer Gobernador Civil que residió en su propia casa fue Don Ernesto Ruiz Cóbar.

Finalmente, el 4 de diciembre de 1993, se inauguró en este inmueble el Museo de Arqueología y Etnología, conservando la historia y el legado de lo que fuera la Casa Nacional.