El parque regional municipal Xetaj, por estar ubicado en los Cuchumatanes y ser montañoso, su clima es muy lluvioso, su precipitación varia de 1,000 a 2,000 milímetros anuales y la humedad relativa es de 80%, la época lluviosa inicia en mayo y se extiende a octubre, la época seca comienza en enero y termina en abril, los meses intermedios entre noviembre y diciembre clima frío y época seca varia a templado.
La temperatura varía entre 12 a 18 grados con una media de 15 grados centígrados. Los vientos predominantes durante la época fría son del Norte. Los suelos del Municipio en su mayoría están comprendidos en tipos III a suelos profundos, III B (suelos poco profundos a gran altitud y III D (Suelos poco profundos a altitudes medias en un clima relativamente seco). San Rafael La Independencia pertenecen a la región de suelos de caliza, esta región comprende las áreas de formaciones sedimentarias, clásticas y carbónicas, los usos son variables, pero se encuentran tierras con bosque y cultivo de subsistencia como el maíz.
La fisiografía del Municipio pertenece a las tierras sedimentarias de la Cordillera de los Cuchumatanes y montañas fuertemente escarpadas, con porcentaje de pendientes que van de 30% A 65%, la clase agrológica prevaleciente es VII y otra parte VIII que son de vocación forestal y para conservación, las profundidades efectivas van de 5 a 40 centímetros, la pedregosidad va de áreas donde es libre o ligeramente pedregoso con pequeñas rocas dispersas en el suelo. La Sierra de los Cuchumatanes es de tipo lluvioso l, según clasificación de FAO. La Montaña Xetaj registra alturas de 2,800 a 3,060 metros sobre el nivel del mar. El área se encuentra en la región de tierras altas sedimentarias, la subregión de la Cordillera de los Cuchumatanes y grandes paisajes de la altiplanicie y ladera degradadas de los Cuchumatanes con montañas fuertemente escarpada, superficiales y con textura pesada y color pardo.
El Municipio posee varios nacimientos de agua entre los principales se encuentran ubicados en las Comunidades de Laj Cholaj, Incú, Ixcanac I, Ixcanac II y Achi. Algunos ríos son aprovechados en la actividad agrícola para el riego de cultivos principalmente en la producción de cebolla en las Aldeas Villa Linda, Cantetaj, Los Molinos y Canmox.
En la Aldea Los Molinos la fuerza hídrica de los ríos es utilizada eventualmente para generar energía que impulsa molinos de trigo para el consumo de las familias. Dentro del bosque Xetaj no existen nacimientos de ríos u otras afluentes, el área posee árboles que son importantes para los nacimientos de agua que se encuentran cercanos a la Comunidad de Ixcanac y otra Comunidades vecinas.
Dentro del bosque Xetaj no existen nacimientos de ríos u otras afluentes, el área posee árboles que son importantes para los nacimientos de agua que se encuentran cercanos a las Comunidades Ixcanac u otras comunidades vecinas. Dentro de esta Unidad fisiográfica hay una gran cantidad de formas de tierra, entre las cuales se pueden mencionar la sección compleja localizada al Norte de la Sierra de Chamá cuyos pliegues, fallas y procesos erosivos han creado un paisaje de colinas paralelas, topografía kárstica, anticlinales y sinclinales sumergidos en la Sierra de los Cuchumatanes en su parte Sur con gran número de fallas abruptas. La parte Occidental de la región contiene las más espectaculares vistas en el país, mientras que el área alrededor de Cobán muestra ejemplos clásicos de sumideros conocidos localmente como siguanes así como cavernas de piedra caliza.
El drenaje en el Oeste tiene una dirección Norte-Noreste hacia el Golfo de México. Los sistemas de ríos Selegua y Chixoy o negro han esculpido profundos desfiladeros dentro y a través de la sierra de los Cuchumatanes y a medida que el Río Chixoy o negro pasa a través de las colinas paralelas a la zona Norte de la sierra de Chamá. Esta unidad fisiográfica se ubica y localiza en los Municipios Nentón, San Sebastián, San Mateo, Todos los Santos, Ixtatán, Barillas del Departamento de Huehuetenango. San Juan Cotzal, Nebaj, Chajul del Departamento de Quiché. Su relieve presenta alturas que van de 800 a 8,828msnm. Las corrientes hídricas presentan un drenaje superficial de tipo subdéndritico paralelo y subparalelo. Las rocas pertenecen a la formación de Ixcoy formadas por calizas y dolomías en capas masivas. La zona de vida del bosque es muy húmedo montano bajo subtropical, la zona es ecotonal con alta diversidad con presencia de abies guatemaltensis (pinabete), pino, aliso, ciprés.
Actualmente la mayoría de vegetación es bosque de pino y pequeños fragmentos de bosque natural bastante perturbados, existen áreas boscosas, se caracterizan por la presencia de dos o más estratos de vegetación, el estrato dominante posee patrón de distribución coetánea. una altura de 20-25 metros, se encuentran especies de pinus pseudostrobus y pinos ayacahuite. El bosque tiene 3 estratos: Estrato superior tiene 1 altura de 28 metros está conformada por árboles jóvenes, emergentes y con un patrón de distribución coetánea, el diámetro de altura pecho es de 40 cms., el segundo estrato tiene una altura de 20 metros y sus copas forman un dosel el promedio es de 25 metros, y el tercer estrato está conformado por arbustos y arboles pequeños con una altura de 6 metros y DAP(diámetro de altura de pecho) de 8 cms. El sotobosque es mínimo con presencia de arbustos y herbáceos.