Se contrató a un arquitecto para diseñar el Sitio de la Memoria de Sepur Zarco. El diseño final se definió a través de un proceso consultivo a nivel comunitario, liderado por el colectivo Jalok U y Mujeres Transformando el Mundo (MTM). En este proceso se acordó que el Sitio contaría con un ceremonial y osarios destinados a albergar las osamentas encontradas durante las exhumaciones cercanas a Sepur Zarco.
El proceso de diseño se desarrolló en tres fases, debido a cambios en la ubicación del Sitio de Memoria: el monumento se colocó en la plazoleta del mercado de la comunidad, mientras que el osario y el ceremonial se ubicaron en el espacio de la clínica móvil. La propuesta de diseño incorporó elementos desde la perspectiva étnica de la población q’eqchi, asegurando que el sitio reflejara sus valores, historia y memoria colectiva.
El arquitecto entregó además planos estructurales completos, que incluyen planta acotada, planta de cimentación, cortes de muro y planta de acabados.
La ejecución de la obra se realizó en varias fases, con apoyo comunitario en todas ellas. Este proceso incluyó la compra de materiales, el pago de mano de obra (maestro de obra, albañiles y ayudantes) y la supervisión técnica de la construcción.
La inauguración oficial del Sitio de Memoria de Sepur Zarco tuvo lugar el 20 de junio de 2020, en el marco del Día Internacional de las Víctimas de Violencia Sexual durante el Conflicto Armado y del Día de las Personas Desaparecidas durante el Conflicto. Este acto simbólico contó con la asistencia de más de 300 personas, incluyendo líderes comunitarios de más de 13 comunidades alrededor de Sepur Zarco, así como representantes de instituciones como la Procuraduría de los Derechos Humanos, Ministerio de Educación, Ministerio de Salud y organizaciones internacionales.