No se cuenta con registros exactos sobre la fecha de construcción del templo de San Andrés Semetabaj; sin embargo, se presume que fue edificado durante la administración de fray Diego de Ocaña como provincial de la orden franciscana, entre los años 1676 y 1686.

El franciscano Francisco de Zauza, en un informe fechado el 8 de junio de 1689 —inédito y conservado en el Palacio Arzobispal— mencionó que el templo pertenecía al convento de Panajachel.

Entre su posible construcción y el año 1816 no se encuentran datos históricos relevantes sobre el templo. Fue precisamente en 1816, durante el terremoto conocido como de Santa María Magdalena, cuando el edificio fue completamente destruido.

Años más tarde, en 1935, el juzgado municipal de San Andrés Semetabaj envió una carta al jefe político departamental informando sobre el deterioro del templo parroquial. En dicha comunicación, los vecinos del lugar solicitaban autorización para organizar una suscripción voluntaria que permitiera recaudar fondos destinados a su reparación.

En cuanto a su estilo arquitectónico, hasta el siglo XVI predominaba el estilo renacentista, con marcadas influencias españolas. Inicialmente se mezclaba con el plateresco —característico del periodo de los Reyes Católicos— y, hacia finales del siglo, comenzaba a sintetizarse con elementos manieristas. Estas tendencias se mantuvieron hasta aproximadamente el primer tercio del siglo XVII. A partir de 1651, comenzaron las reconstrucciones y reelaboraciones de templos y fachadas, incorporando progresivamente el estilo barroco, en ocasiones con influencias manieristas. Esta fase estilística se prolongó hasta inicios del siglo XVIII.