La construcción del edificio comenzó en 1890, gracias a la donación del terreno y de los fondos económicos realizada por la señora Margarita Arriola de Ávila. Sin embargo, el terremoto de 1902 destruyó parte de la estructura. Posteriormente, en 1910, la Sociedad de Beneficencia “El Amparo” asumió la reconstrucción, y la inauguración tuvo lugar la mañana del 3 de julio, nombrándolo “Joaquina” en homenaje a la señora Joaquina Cabrera de Estrada.

El hospital inició su funcionamiento con doce camas, distribuidas en tres ambientes, recibiendo como primeras pacientes a las señoras Eulogia López y Petrona López. Sus primeros directores fueron Urbano Polanco y Mariano Mazariegos, quienes desempeñaron sus funciones de manera gratuita.

La primera ama de llaves del hospital fue la enfermera Agapita de Cardona, encargada de la organización y el funcionamiento interno del establecimiento.