Fueron descubiertas por dos jornaleros de Zunil en 1902 y se convirtieron en baños comunales. La municipalidad local se encargó de darle mantenimiento y proteger el área, en esa época cada municipalidad dependía de sus propios recursos e ingresos.

Por ello, se vieron obligados a no continuar con la conservación del lugar. No fue hasta 1932 que la municipalidad consideró tener el recurso suficiente para seguir con el cuidado de las fuentes.

Durante la época de Jorge Ubico, se buscaron formas de habilitar carreteras que comunicaran la costa sur y occidente. En esa búsqueda, se notificó al presidente que no se podía avanzar más, debido a una cadena de volcanes y el hallazgos de las pozas de agua.

Ubico se trasladó a Quetzaltenango, tomó un baño en las fuentes junto con su esposa. Además, se cree que el origen del nombre es inspirado en el presidente Jorge Ubico, ya que Georgina es una variante del nombre Jorge. Fue dicho presidente quien habilitó el lugar. Antes de esto, se le llamaban Las aguas quetzaltecas.