Una vez inaugurada, la ermita funcionó como parroquia y luego de los daños causados por los terremotos de 1717, los habitantes de esa región contribuyeron a restaurar la edificación. La ermita se convirtió en filial de la parroquia Nuestra Señora de los Remedios, sin embargo, con el terremoto de 1773 nuevamente sufrió daños, hecho que se repitió con el terremoto de 1942, el cual derrumbó la cúpula que originariamente poseía la ermita.

Con el tiempo se intentó restaurar el templo y como resultado, en el año 1968 se construyeron unas gradas con el propósito de que el recinto funcionara como un espacio para presentaciones artísticas y culturales. El recinto de la Ermita de la Santa Cruz fue habilitado como un teatro permanente al aire libre.

La fachada de esta ermita es de las pocas en La Antigua Guatemala que en sus inicios fue restaurada por los mismos pobladores y no por reconocidos artistas. La Ermita de la Santa Cruz es considerada como la más antigua, en este municipio.