En el año 1946, durante el gobierno del Dr. Juan José Arévalo (1945-1951), luego de la expedición presidencial realizada a Puerto Barrios, surgió la iniciativa de crear el Puerto de Santo Tomás de Castilla en vista de las condiciones que prevalecían en dicho Puerto, por lo que se pensó seriamente en su traslado a Santo Tomás.

El coronel Jacobo Árbenz Guzmán, durante su gobierno (1951-1954), tuvo el deseo de darle un nuevo impulso a la economía nacional, al establecer la construcción de la Ciudad-Puerto en la bahía de Santo Tomás, en el departamento de Izabal, declaró el proyecto de utilidad y necesidad pública.

El contrato se firmó con la compañía Morrinson Kundson el día 30 de junio del 1953.
Los trabajos de la construcción fueron finalizados durante el gobierno del presidente Carlos Castillo Armas (1954-1957), quien inauguró el 13 de septiembre de 1955 las instalaciones portuarias, como un homenaje a la patria, actividad en la que se presenció el envío del primer cargamento simbólico que se hacía por el puerto, el cual consistió en varios quintales de minerales de las montañas de las Verapaces, puestas a bordo del Mare-Liberum de la Compañía Guatemala-Line.

En el acuerdo de inauguración se indicaba que el presidente formó una empresa semi-autónoma para dirigir las operaciones de importación y exportación por el ya mencionado puerto a la que denominó Empresa Portuaria Nacional Santo Tomás de Castilla.

El 16 de mayo de 1958 la empresa tomó el nombre de Dirección General de Puertos hasta 1962.

En el año 1963 la Dirección General de Puertos se transformó en Empresa Portuaria Nacional Matías de Gálvez, sin embargo, cuando fue inaugurada la segunda etapa de las instalaciones portuarias en 1969, durante el gobierno del Lic. Julio César Méndez Montenegro (1966-1970), fue restituido su nombre original como Empresa Portuaria Nacional Santo Tomás de Castilla, hasta la fecha de hoy.