La precipitación pluvial promedio anual es de 1,344 mm, húmedad relativa media es 74%, mantiene una evaporación media a la intemperie de 187.7 mm, presión atmosférica media de 49.4 mm, San Benito cuenta con un clima cálido, con invierno benigno húmedo y sin estación seca definida. La temperatura media anual es de 25.7 grados centígrados, nubosidad de 5 octas, brillo solar promedio 6.6Hg. La serie de suelos en segmentos del Parque El Esfuerzo es chacalté (CHA), los suelos tienen un buen drenaje y bajo riesgo de erosión y fertilidad natural alta. Un análisis de correlación entre las series de suelos y clasificación de FAO indican que los suelos de la serie chacalté son litosoles, rendzinas/cambiosoles (ubicándolos en la Unidad de paisaje karst cónico). La elevación promedio del área es de 150 a 250 msnm, su topografía es quebrada. San Benito se ubica en terrazas y planicies kársticas con unidad de paisaje denominado: Lomas de karst erosionadas en terrazas de roca caliza y lomas kársticas erosionadas. Dentro de los polígonos no existen fuentes de agua sin embargo el área dista de 4 km. con rumbo Nor-este del lago de Petén Itzá. El área se encuentra en la zona biogeográfica del Neotrópico, el municipio de San Benito se ubica en el bosque húmedo subtrópical cálido, dentro del que se han identificado una gran diversidad de especies mayormente no comerciales entre las que se encuentran: amapola, chacaj, canchán, escobo, majagua, ramón colorado, bojón, cedro, ceiba, chechén blanco, caoba, zapotillo, jobo, chicozapote. Algunas de estas especies son utilizadas como leña. La fauna representativa de la zona esta constituida por: ardillas, armadillos, gatos de monte, pizotes, cotuzas, carpinteros, chachalacas, loros, pericas, tucanes, tapacaminos, gavilanes. Entre los reptiles más comunes están: barba amarilla, coral, cutete, mazacuata. No existen fuentes de agua en la lotificación El Esfuerzo ni servicio de agua entubada y energía eléctrica (la población se surte de agua por medio de camiones cisternas).