El Parque Regional Municipal Chuna’a se denomina bosque húmedo subtrópical cálido. La dirección del viento es de Este a Oeste. Los vientos con dirección Norte Sur soplan antes del inicio de la época de lluvia. Según Simons en su Libro «Clasificación de Reconocimiento de los Suelos del Departamento de Guatemala» denominados «tierras bajas de Petén – Caribe llamada también plataforma karstícas baja ondulada», los suelos se han desarrollado sobre rocas sedimentarias calcáreas de la época cretácea y la última parte de la cenozoica. Posee 2 clases de suelos: Suelo de los bosques y suelo de sabana. Los suelos de los bosques poseen una vegetación rica y abundante lo que parece muy fértil, ya que el reciclaje de material orgánico se encuentra en los árboles ante la rápida descomposición de la materia orgánico. Los suelos de la sabana pertenecen a suelos llamados Chachaclum, cha, cambisole cromicos-luvisoles, estos se caracterizan por ser poco profundos y bien drenados. En promedio la altura del Municipio es aproximadamente 220 metros sobre el nivel del mar.La topografía es de relieves leves y poco pendientes fuertes. San Francisco se encuentra en el área fisiográfica de las tierras bajas de Petén, la cual es sabana y bosques bajos propiamente planos, constituye una planicie de cerros de poca altura, lo que se conocen como los nombres de: Miradero, Colompote, Grande, Chuná, Pelones, de la manga, cuché, ixpaquin, jobonoch y liquinché. Fisiográficamente están sobre la Península de Yucatán, los suelos pertenecen al período cretáceo superior eoceno. Taxonómicamente se clasifican en: vertisoles y molisole. En el área no hay ningún cuerpo de agua superficial pero se ubican áreas subterráneas las cuales son utilizadas por el bombeo hacia el tanque de almacenamiento y distribución de agua potable a todo el pueblo de San Francisco y San Juan de Dios. Los terrenos son de manejo forestal, la vegetación que se encuentra en la zona Pasaque, Canxan, chechen blanco, chico zapote, subin, aceituno, danto, chechen negro, aguacatillo, escobo, amapola, caoba, cedro, chacal, jobillo, anona, copal, naranjillo, guarumo,majagua, palo de gusano, roble, con diámetros aproximados de 10 hasta 30 centímetros a la altura del pecho.El área juega a proteger juega un papel muy importante para la fauna silvestre convirtiendo en su hábitat refugio y corredor biológico de especies como: mono araña, ardilla, cotuza, cereque, chachalaca, tapa camino, urraca, lechuza, cheje, pericas, loros de cabeza roja, gavilán caracolero, coral, cantzitzi, cutete, bejuquillo, falso coral, mazacuata.