En sus antecedentes históricos se menciona que el Castillo fue edificado como elemento de defensa para la entrada de la ciudad, en el Camino Real del Guarda Viejo, que comunicaba la región de la Costa y Los Altos. Su construcción se concluyó el 25 de mayo de 1846. El castillo funcionó como cuartel de artillería para personal del ejército y comando militar hasta el 20 de octubre de 1944 fecha en que fue bombardeado por unidades de la Guardia de Honor. Originalmente el ingreso al Castillo estaba ubicado sobre la 20 calle o Calle del Castillo con el entorno amurallado y dos principales edificios. El ala sur fue demolida y se conserva el ala norte, que fue restaurada con el mismo sistema de vanos de arquería.

El 4 de febrero de 1976 se vio afectado por el terremoto, habiéndose realizado su restauración por el cuerpo de ingenieros militares y reabierto para el mismo museo, que fue fundado desde 1969. Urbanísticamente, el fuerte de San José, esta conformado por tres plataformas con tres plazuelas. Se adecua al relieve del terreno y su entorno está conformado por El Centro Cultural Miguel Ángel Asturias ubicado en el mismo montículo, y hacia el exterior el resto del Centro Cívico capitalino.