El clima es cálido con invierno benigno, cuya vegetación se caracteriza por bosque. La zona de vida bosque seco subtrópical, el viento es moderado casi todo el año, con dirección Este a Oeste, aumentando su velocidad de noviembre y enero. Los suelos son poco profundos con drenajes internos malos, desarrollados sobre caliza, relieves escarpados, son suelos superficiales arcillosos de color café oscuro, demasiado pedregosos y con colinas escarpadas. Dentro de los tipos de suelos están: francos, francos limosos y franco arenosos, con profundidad de 25 a 74 cm. Presenta alturas sobre el nivel del mar de 950 a 1050 msnm. encontrándose en las partes bajas mayor cantidad de vegetación natural y biodiversidad ecológica más alta donde se encuentran fragmentos de estructuras de ruinas o montículos arqueológicos. El relieve que presenta varia desde plano a escarpado. El relieve plano corresponde a la zona de potreros y cultivos de maíz que inicia en la Frontera de México cubriendo Aldea Agua Zarca, 4 caminos, Tabacal, Lop y cabecera Santa Ana Huista. El relieve escarpado abarca zonas estribaciones de cordillera de los Cuchumatanes con montañas bajas deterioradas por el avance de la frontera agrícola y manejo inadecuado de recursos naturales. El relieve es bastante irregular predominan áreas con relieves accidentados y fuertemente escarpado cuyas pendientes dominantes están en un 80%. En un 70% a 80% del área de interés esta cubierto por afloramiento de roca caliza espóradicamente con incrustaciones de cuarzo en la superficie, el poco suelo que existe en la superficial es originado por el intemperismo siendo muy fértil por lo mismo aprovechado para la agricultura pero susceptible a la erosión. La presencia de montañas hacen variar enormemente las condiciones del clima, es decir cima monzónica y de vientos alisios en el litoral. En el Municipio se ubican 2 zonas de vida, bosque seco subtrópical cuyas especies son : pumpo, caoba del pacífico, sabal, flor de mico, ceiba, ceibillo. La segunda zona de vida es bosque húmedo subtropical (templado) cuyas especies son: pino colorado, raspa lengua, hoja de suero, roble, nance. El relieve para esta zona corresponde a ondulado, accidentado y escarpado.El área se encuentra clasificado según CONAP 1,999, en el bioma de bosque de montaña, dentro de la clasificación de fisografía terrestre, se encuentra en bosques sub-suelos de depresión de Chiapas y Bosque de pino-encino de Centroamérica. Dentro de los ecosistemas vegetales se encuentran los sistemas productivos con segmentos significativos de bosques naturales y bosques latifoliados arbustales. La composición florística del Municipio se puede encontrar en 39 especies arbóreas y 18 arbustivas, actualmente se prohíbe talar: sabino, chicozapote, ceiba, ébano, según Acta 0012-2002. Se ha determinado que solo 1 especie vive en condiciones de humedad alta (dentro del Río Huista y fuera de él) conocida como sabino, que le da un atractivo paisajístico al río, también se encuentran especies conocidas como El Amate, que se adapta vivos sobre el suelo, rocas y comunmente parasitando al sabino, esta especie se desarrolla sobre el sabino y una vez desarrollado, desarrolla raíces para establecerse en el suelo, comienza a eliminar a su hospedero y se establece como planta independiente. El árbol amate amenaza con la sobrevivencia del sabino en las riberas del río huista. Las especies arbóreas son: cedrillo, tecomajaca, chicul, algodoncillo, palo de jiote, cajete, capulín, cedro, tepeguaje, totoposte, etc. Entre la fauna se encontraron especies de áreas protegidas por Acuerdos Municipales como: venados, ardillas, ratones, tepescuintles, mapaches, comadrejas, tacuacines, murciélagos, conejos, lechuzas, tórtola. El área es una formación geológica por donde el agua del Río Huista penetra en un sumidero o Siguán, donde desaparece después de una serie de secuenciales caídas de poca altura provocando pequeñas gotículas de agua formando una nube poco densa que forma un arco iris, por las mañanas tiene una gran vista panorámica y su vegetación ha desarrollado gran vista debido a la alta humedad, hay algunas especies como: el chicozapote, chaperno, cancho de toro. el Río Selegua provee de arena y piedra a las familias de la región. Entre los riachuelos están el arroyo grande y arroyo shak que son visitados y 7 riachuelos intermitentes que corren durante la época de invierno. Se encuentra una laguna denominada Palos Altos que pertenece a la Comunidad 4 caminos y otra pequeña, en el lugar se encuentran lagunas, jagüey (bebedero artificial para el ganado), se encuentran 7 jagüey que son de uso comunal y se encuentran en los siguientes lugares: Palos Altos, El Arenal, El Morral, Barejonal, Yuxen, Las Lagunas, Flor de Mayo. Existen 7 fuentes de aguas ubicadas en las Comunidades Ojo de Agua La Montaña, Monajil,Buena Vista,Buenos Aires y Lop beneficiando a 350 familias las cuales se usan para el consumo humano y pecuario. Existen ecosistemas que se caracterizan por tener especies endémicas como: bauhinia seleriana, urtica chaculana, zea mays, huehuetenanguensis entre otras) desempeñando algunas funciones de protección así como la importancia cultural y geológica .