En 1563, el obispo Francisco Marroquín donó un terreno con el propósito de edificar un convento, proyecto que se materializó algunos años más tarde.

Varias hermanas de la Orden de la Inmaculada Concepción llegaron al Reino de Guatemala para fundar la comunidad. Su labor comenzó a dar frutos al año siguiente, cuando ingresó la primera religiosa guatemalteca.

La construcción del convento concluyó en 1620, aunque el proceso fue lento debido a la necesidad de realizar obras adicionales, como la edificación del Arco de las Monjas sobre el río Pensativo y la construcción de un dique para proteger el complejo y las calles aledañas de las frecuentes crecidas del río.

Durante sus primeros treinta años, fue el único convento femenino de la región y, con el tiempo, llegó a albergar a más de cien monjas.

El atuendo de las religiosas concepcionistas se distinguía por su lujo y elegancia, superior al de otras órdenes de la ciudad. Consistía en una corona adornada con flores y joyas, un escapulario plisado —que posteriormente fue prohibido por su ostentación—, una imagen del Niño Jesús y una palma ornamentada, símbolo de su consagración.