El entorno natural del río Mixpillá alberga una rica biodiversidad, tanto en flora como en fauna. A lo largo de su cauce y en sus alrededores es común encontrar gran variedad de insectos, entre ellos libélulas, mariposas y otros polinizadores que contribuyen al equilibrio del ecosistema. También, ocasionalmente, pueden observarse diversas especies de aves que habitan o transitan por la zona, aprovechando la cercanía del agua y la abundante vegetación para alimentarse o anidar.

En cuanto a la vegetación, el área está rodeada por árboles característicos de climas húmedos, como los árboles de hule (Hevea brasiliensis) y el bambú, que crece en grandes grupos cerca de la orilla. Entre las plantas ornamentales o exóticas que destacan, se encuentran flores conocidas como “camarones” y “antorchas” (Etlingera elatior), reconocidas por sus colores intensos y formas llamativas.

Una planta muy representativa de la región es la hoja de maxán (Calathea lutea), utilizada tradicionalmente para envolver alimentos, especialmente en la preparación de tamales, y que crece de forma natural en las zonas húmedas cercanas al río.

En lo que respecta a la fauna acuática, el río aún conserva la presencia de peces de diferentes especies, lo cual indica que, a pesar de las amenazas ambientales, sigue siendo un cuerpo de agua con cierto grado de conservación ecológica. Las aves también forman parte importante del ecosistema, y es posible observar especies tanto residentes como migratorias, que aprovechan el entorno como fuente de alimento y refugio.

El río Mixpillá, además de ser un recurso hídrico valioso para la comunidad, representa un ecosistema vivo que debe ser protegido y valorado por su riqueza natural y su importancia cultural.