El zoológico fue fundado el 25 de diciembre de 1924 durante el gobierno del presidente José María Orellana en la parte sur de la ciudad, como parte de una enorme zona de distracción, entonces llamado Parque Reforma, con diversos museos, parques y un hipódromo. Alrededor del año de 1963 fue la etapa más difícil del zoológico, ya que quedó en abandono, y el gobierno entregó la administración a la Asociación Guatemalteca de Historia Natural, desde el año 1991 hasta la fecha han realizado remodelaciones que cada vez mejoran más la administración y las instalaciones. Más tarde, con la conversión de un pequeño campo de aviación en el Aeropuerto Internacional La Aurora el parque era intensamente disminuida. Los restos de un antiguo viaducto se pueden encontrar en los alrededores del parque. En 2007, el hipódromo fue demolido debido a una mayor expansión del aeropuerto.