Cuenta la tradición que, en tiempos de la colonia, que por mandato de las más altas autoridades de la iglesia, la orden de los frailes franciscanos era la encargada de realizar el Acto del Descendimiento de Nuestro Señor y la orden de los frailes dominicos, la encargada de realizar la procesión del Santo Entierro. Ahora, desde inicios del presente siglo, la Hermandad de la Santa Vera Cruz de San Francisco procede también a realizar la Procesión del Santo Entierro, acto que año con año va incrementando la cantidad de cargadores que llegan a rendir culto al sacrificio del Hijo de Dios en este templo.

Es la Procesión del Santo Entierro de San Francisco el cortejo procesional con más desarrollo y crecimiento en la actualidad.